10歳の少女荻野千尋は、両親と共に引越し先のニュータウンへと車で向かう途中、父の思いつきから森の中の不思議なトンネルから通じる無人の町へ迷い込む。そこは八百万の神々が住む、人間が足を踏み入れてはならない世界だった。